南溪历史悠久，人杰地灵。南北朝梁设南广县，隋仁寿初年（601－604年）因避太子杨广讳，改为南溪县至今。县初治今宜宾市翠屏区李庄镇北岸（涪溪口至桂轮场）。唐乾符二年（875年），在仙源坝筑奋戎城（今南溪镇）。宋乾德（963－969年）中，迁治奋戎城。南溪建县前，隶属犍为郡僰道县。梁时属戎州六同郡。隋开皇（581－600年）初废六同郡，直属戎州。隋大业初年（604－617年），属犍为郡。唐武德元年（618年），属戎州。唐天宝元年（742年），属南溪郡。唐乾元元年（758年），复属戎州。宋乾道六年（1170年），属叙州。元至元十八年（1281年），隶于叙州路。明清时，属叙州府。1913年，废叙州府，隶于川南道分巡。1914年，隶于永宁道分巡。1929年撤永宁道，直属四川省。1935年至1949年，属第六行政督察区专员公署。1949年12月7日南溪县解放，1950年，南溪县属宜宾专区专员公署。1954年，属宜宾专员公署。1978－1997年，属宜宾地区行政公署。1997年撤地设市以来，隶属宜宾市管辖。

　　1997年，南溪县面积704.4平方千米，人口39万，辖9个镇、7个乡：南溪镇、罗龙镇、黄沙镇、汪家镇、大观镇、刘家镇、仙临镇、长兴镇、江南镇、金竹乡、石鼓乡、林丰乡、大坪乡、留宾乡、裴石乡、马家乡。县政府驻南溪镇，距宜宾市区40千米。

　　2000年，根据第五次人口普查数据，全县总人口377289人，其中： 南溪镇 99965 罗龙镇 37066 刘家镇 24855 江南镇 16128 大观镇 41726 汪家镇 15748 黄沙镇 15025 仙临镇 31203 长兴镇 20288 裴石乡 17102 马家乡 9853 金竹乡 8181 大坪乡 5834 石鼓乡 11604 林丰乡 7295 留宾乡 15416。

　　2001年底（估计时间），全县面积703.43平方千米，人口374922人，辖18个居委会、214个行政村2004年，南溪县辖9个镇（南溪、罗龙、刘家、江南、大观、汪家、黄沙、仙临、长兴）、7个乡（裴石、马家、金竹、大坪、石鼓、林丰、留宾）。

　　2005年，南溪县辖9个镇、7个乡：南溪镇、罗龙镇、刘家镇、江南镇、大观镇、汪家镇、黄沙镇、仙临镇、长兴镇、裴石乡、马家乡、金竹乡、大坪乡、石鼓乡、林丰乡、留宾乡。

　　2006年5月31日，四川省人民政府（川府民政[2006]19号）批准：同意南溪县调整乡镇行政区划。调整后，南溪县辖15个乡镇。撤销金竹乡，将原金竹乡所属行政区域并入罗龙镇。罗龙镇政府驻罗龙场。

　　2011年03月17日四川省人民政府办公厅发布：宜宾市《关于撤销南溪县设立宜宾市南溪区的请示》（宜府〔2010〕103号）收悉。经国务院批准，省人民政府同意该。

　　2013年12月，南溪区辖辖2个街道、7个镇、6个乡：南溪街道、罗龙街道、刘家镇、江南镇、大观镇、汪家镇、黄沙镇、仙临镇、长兴镇、裴石乡、马家乡、大坪乡、石鼓乡、林丰乡、留宾乡。